تواجه المقاومة الجنوبية اخطارا عديدة وتحديات كبرى تحيق بانجازاتها وتهدد استمراريتها، فبعد الانتصارات المتلاحقة للمقاومة الجنوبية تنبه العدو ووجه كل اهتماماته نحو ضرب المقاومة بوسائل وطرق يصعب على المقاومة التحسب لها وبالتالي مواجهتها! !
ولمواجهة تلك التحديات والمخاطر فإن فرق المقاومة تحتاج إلى الاجتهاد والتركيز في اختيار عناصرها التي تدير أمور المواطنين في المناطق المحررة من العناصر الشريفة المؤهلة علميا وثقافيا وأخلاقيا وان تستبعد أصحاب السوابق وأصحاب الصفحات السوداء ..
كما أن المقاومة تحتاج وبشكل سريع للخروج من حالتها التي تعيشها والتي تؤكد أن المقاومة لم تستوعب بعد أن المعركة في كثير من مناطق الجنوب قد انتهت تقريبا وأنه من الضروري الولوج في مرحلة مابعد الحرب وهو أن تعمل فرق المقاومة على إيجاد ممثلين سياسيين يتحدثوا عنها بدلا من أن يستمر الميدانيين في أداء هذا الدور الذي لايتقنونه !!
كما أن فرق المقاومة يجب أن لا تكتفي بدور المصلح الاجتماعي وتتجه نحو المشاركة في البناء والالتحاق بمؤسسات المجتمع المدنية والعسكرية المنظمة لتقوم بدورها في مرحلة مابعد المعركة .
أما أهم مايواجه المقاومة من تحديات فإنه يتجسد في حالة الانقسام الذي تحاول بعض قوى المقاومة فرضه على الواقع من خلال محاولة إقصاء ومحاربة المقاومة الجنوبية التي تشكل امتدادا للحراك الجنوبي الذي انطلقت معركته مع العدو منذ أكثر من عشرون عاما في 7يوليو1994م ،تلك القوى التي تستغل بعض الامتيازات التي نالتها بحكم علاقاتها على مستوى الإقليم والتي مكنتها من الاستحواذ على شريان المعركة (المال والسلاح ) وتناست للأسف أنها لم تتعلم الثورة وتقر بعدوانية الخصم إلا من خلال وثائق وادبيات ونضال أبناء الحراك الحنوبي الذي كان أول من قارع هذا العدو حينما كانت كثيرا من تلك القوى تصلي في محراب هذا العدو وتصفه بولي الأمر الذي تجب طاعته !!!