عند الحديث عن الهيكلة للمجلس الانتقالي الجنوبي البعض يذهب مباشرة الى موضوع التجديد و التدوير والاستبدال للاشخاص وفي تقديرنا ان هذا الامر هو واحد من نتائج اعادة الهيكلة ففط وليس كل عملية الهيكلة.
لان الهيكلة تعني مراجعة تصميم المجلس الانتقالي بالاستفادة من التجربة السابقة والمستجدات الراهنة واتجاهات المستقبل و مراجعة بناءه وتركيبه ، وتعني تصحيح التصميم للهيكل التنظيمي واعادة بناءه بتوسيع مشاركة القوى السياسية الجنوبية التي تلتزم بوثائق المجلس وتصحيح اللوائح والانظمة المنظمة لذلك الهيكل والعلاقة بين هيئاته وداخل كل هيئة وعلاقته بالمجتمع وبهيئات ومؤسسات الدولة والمجتمع وتقبيم مستوى تنفيذ الاهداف واعادة صياغتها وصياغة المهام المحددة لكل مستوى من مستوياته السيادية الثلاثة في حال استمر التصميم السابق على المستويات السيادية الثلاثة والمستوى القطاعي ومهام كل هيپة ولجنة وادارة وتوصيف للوظائف وتحديد معايير لشاغليها وتحسبن وتطوير لبنات العمل ووضع الشخص المناسب في المكان المناسب وتراعي الهيكلة التمثيل الوطني على اساس معياري المساحة والسكان والتمثيل السياسي والفئوي مع اعطاء اهتمام لشباب والمرأة.